La planta baixa i el soterrani del Museu es dediquen a la descoberta del procés de producció de les imatges. Al soterrani, i gràcies als grans finestrals que comuniquen amb un taller en ple funcionament, el visitant pot seguir tot el procés de manufactura de les imatges, des de la confecció dels motlles de gelatina fins a l’emmotllatge, el retoc i la col·locació dels ulls de vidre.
Ja a la planta baixa, el recorregut segueix per la sala de pintura, on el visitant pot seguir el procés de decoració de les imatges, i per l’espectacular Sala de models, que reprodueix una part dels magatzems que tenien els grans tallers. La Sala d’iconografia apropa a la identitat física i simbòlica dels sants, així com a la seva rellevància històrica, i a la Sala d’audiovisuals una projecció explica la història d’aquest ofici iniciat fa més de cent anys a Olot.
La primera planta del Museu és la planta noble de l’edifici i antiga residència de la família de Marian Vayreda. Mostra tot el ventall de produccions, més enllà de la imatgeria religiosa, que han fet al llarg de la història els tallers de Sants de la ciutat. La Segona República i la Guerra Civil espanyola van ser temps molt convulsos i els tallers van haver d’adaptar la seva producció a la demanda i començar a fabricar models totalment profans per obrir-se així a nous camps comercials: el pedagògic, per abastir escoles i instituts de material per a les classes de ciències naturals; el lúdic, a través de la producció de nines que imitaven les de porcellana o d’elements d’imatgeria festiva; la decoració, amb Madames Pompadour, ballarines de Minuet, futbolistes o toreros, i també els retrats de personatges polítics que gaudien de certa devoció popular, com ara Francesc Macià, Kennedy o Durruti. A la primera planta hi ha també l’Espai Ramon Amadeu, amb tres sales dedicades al primer pessebrista català i que va marcar el camí pels posteriors figuraires. El Museu dels Sants es converteix així en el centre català de referència de Ramon Amadeu.
La segona planta de l’edifici és l’espai reservat per a les exposicions temporals sobre temàtiques concretes relacionades amb el fons del Museu dels Sants.